W przypadku przyznania dofinansowania realizacja dofinansowania następuje po podpisaniu dwustronnej umowy dofinansowania pomiędzy Realizatorem i wnioskodawcą. Zgodnie z rozdziałem VI ust. 2 dokumentu pn. „Zasady (...)", warunkiem zawarcia umowy dofinansowania jest spełnianie przez wnioskodawcę warunków uczestnictwa w programie w dniu podpisania umowy. Warunki te zostały określone w rozdziale VI ust. 2 i ust. 4 programu.
Umowa dofinansowania może być realizowana w formie refundacji kosztów poniesionych przed dniem jej zawarcia albo w formie dofinansowania kosztów edukacji, które będą poniesione po jej zawarciu (kwota dofinansowania przekazywana jest zaliczką dla Beneficjenta lub na rachunek uczelni). Umowa w niektórych przypadkach może też obejmować obie formy (refundacja oraz dofinansowanie).
W przypadku refundacji Beneficjenci z własnych środków finansują opłatę za naukę a następnie występują o zwrot poniesionych wydatków . Koszty poniesione przez Wnioskodawcę po dacie zakończenia przyjmowania wniosków (po 30 września) , a dotyczące poprzedniego roku akademickiego (zakończonego w dniu 30 września) nie podlegają refundacji. Koszty poniesione przez Wnioskodawcę przed datą zakończenia przyjmowania wniosków (30 września) , a dotyczące aktualnego roku akademickiego - podlegają refundacji. Koszty poniesione przez Wnioskodawcę po dacie zakończenia przyjmowania wniosków (po dniu 30 września), a dotyczące aktualnego (kolejnego) roku akademickiego mogą podlegać refundacji.
Refundacja kosztów następuje po przedłożeniu przez Beneficjenta pomocy dokumentów księgowych (faktur VAT, a w przypadku, gdy zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa nie jest możliwe wystawienie faktury VAT innych dokumentów - wraz z dowodami zapłaty) potwierdzających ich poniesienie. W przypadku refundacji Beneficjenci występują o zwrot poniesionych wydatków przedstawiając Realizatorowi odpowiednie dokumenty księgowe. Nie ma więc możliwości, by koszt nieudokumentowany podlegał refundacji. W programie nie jest wymagane, aby dodatek na pokrycie kosztów kształcenia rozliczać dokumentami finansowymi, odwrotnie wyraźnie wskazano, że nie podlega on rozliczeniu. Dodatek zatem był i jest realizowany wyłącznie w formie dofinansowania. Powyższe stanowisko zostało jednoznacznie dookreślone w dokumentach programowych uchwałą Rady Nadzorczej PFRON nr 5/2014. Zgodnie z obecnie obowiązującą treścią programu (rozdz. VII ust. 3) refundacja kosztów poniesionych przed zawarciem umowy w module lI może dotyczyć kosztów opłaty za naukę (czesne), które dotyczą aktualnego roku szkolnego lub akademickiego
Zgodnie z obecnie obowiązującą treścią programu (rozdział VII ust. 3) refundacja kosztów poniesionych przed zawarciem umowy w module lI może dotyczyć kosztów opłaty za naukę (czesne), które dotyczą aktualnego roku szkolnego lub akademickiego. Rok akademicki jest jednostką miary czasu nauki i zajęć w szkołach wyższych, obejmującą najczęściej okres od października do września. W dniu 30 września upływa termin przyjmowania wniosków w ramach modułu lI przedmiotowego programu . Upływ roku akademickiego zbiega się zatem z terminem zakończenia przyjmowania wniosków .